Beschreibung*
Nachweis von SARS-CoV-2/Influenza/RSV Virus RNA aus Atemwegs-Abstrichen in Flüssigtransport-Medium mittels RT-PCR
Ziel und Zweck der Untersuchung
Das SARS-CoV-2-Virus ist ein beta-Coronavirus (Untergruppe: Sarbecovirus) mit einzelsträngigem RNA-Genom. Das Virus verursacht die COVID-19-Erkrankung, welche seit Anfang 2020 weltweit pandemisch ist und zu einem schweren, intensivpflichtigen Atemwegssyndrom mit beträchtlicher Mortalität führen kann. Die Influenza Viren A/B sind einzelsträngige segmentierte (-) RNA Viren und gehören zu der Familie der Orthomyxoviridae. Die Übertragung erfolgt ebenso über Schmierinfektionen und Tröpfcheninfektion und verursacht ebenfalls Symptome im Bereich der oberen Atemwege mit teilweise schweren Verläufen, welche eine Hospitalisation erforderlich machen können. Das RSV Virus (Humanes Respiratorisches Synzytial-Virus) ist ein einzelsträngiges (-) RNA Virus und gehört zu der Familie der Pneumoviridae. Die Übertragung erfolt über Schmierinfektionen und Tröpfcheninfektion und verursacht insbesondere bei Kindern ausgeprägte Symptome im Bereich der oberen Atemwege mit teilweise schweren Verläufen, welche eine Hospitalisation erforderlich machen können. Bei ca. 5% der Kleinkindern kommt es im Verlauf zum Pseudokrupp. Da eine langandauernde Immunität nicht erfolgt, treten lebenslang zu Re-Infektionen auf, welche jedoch bei Gesunden idR milde verlaufen. Bei erwachsenen Risikopatienten mit kardialen oder pulmonalen Vorerkrankungen sowie immunsupprimierten Patienten besteht jedoch ein erhöhtes Risiko für eine RSV-Pneumonie. Der direkte Erregernachweis mittels Virus-RNA-PCR sollte bei klinischem Verdacht auf SARS-CoV-2/Influenza/RSV-Infektion durchgeführt werden und erfolgt primär aus Atemwegs-Abstrichen. Ein positiver direkter Erregernachweis von SARS-CoV2/Influenza/RSV-Virus aus Atemwegs-Abstrichen bestätigt die Diagnose einer akuten Infektion.
Prinzip des Verfahrens
RT-PCR bestehend aus RNA-Extraktion, reverser Transkription, PCR-Amplifikation und RNA Detektion über Fluoreszenz-markierte Sonden.
Literatur
Wu YC et al. The outbreak of COVID-19: An overview. J Chin Med Assoc. 2020 Mar. Zhou P et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020. Tang X et al. On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2. National Science Review. 2020. Wu Z et al. Characteristics of and Important Lessons From the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Outbreak in China: Summary of a Report of 72 314 Cases From the Chinese Center for Disease Control and Prevention. JAMA. 2020. Zou et al. SARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected Patients. N Engl J Med. 2020 Feb 19. Rothe et al. Transmission of 2019-nCoV Infection from an Asymptomatic Contact in Germany. N Engl J Med. 2020. Li Z et al. Development and Clinical Application of A Rapid IgM-IgG Combined Antibody Test for SARS-CoV-2 Infection Diagnosis. J Med Virol. 2020. Zhou et al. Ophthalmologic evidence against the interpersonal transmission of 2019 novel coronavirus through conjunctiva. MedRxiv. 2020. Schwebke et al. Prüfung und Deklaration der Wirksamkeit von Desinfektionsmitteln gegen Viren zur Anwendung im human-medizinischen Bereich. 2017. Zhang : More plasma needed from recovered coronavirus patients, experts say. Website China Daily. 17. Februar 2020. Hoffmann et al. SARS-CoV-2 Cell Entry Depends on ACE2 and TMPRSS2 and Is Blocked by a Clinically Proven Protease Inhibitor. Cell. 4. März 2020. Nam et al. Respiratory syncytial virus infection in adults. BMJ. 2019 Sep 10;366:l5021. Griffiths et al. Respiratory Syncytial Virus: Infection, Detection, and New Options for Prevention and Treatment. Clin Microbiol Rev. 2017 Jan;30(1):277-319. Garegnani et al. Palivizumab for preventing severe respiratory syncytial virus (RSV) infection in children. Cochrane Database Syst Rev. 2021 Nov 16;11(11):CD013757. Javanian et al. A brief review of influenza virus infection. J Med Virol. 2021 Aug;93(8):4638-4646. Ciminski et al. Influenza A Viruses: Understanding Human Host Determinants. Trends Mol Med. 2021 Feb;27(2):104-112. doi: 10.1016/j.molmed.2020.09.014. Nayak et al. Influenza in Children. Cold Spring Harb Perspect Med. 2021 Jan 4;11(1):a038430.
Ergebniseinheit
Einheiten(sonstige)
nicht zutreffend (qualitative Analyse)
Synonyme
SARS-CoV-2 PCR COVID-19 PCR Corona PCR RSV PCR Influenza PCR Influenza A/B Humanes Respiratorisches Synzytial-Virus Pneumonie Pseudokrupp
Analysenfrequenz
täglich
Nachforderungsmöglichkeit der Analyse
(Stunden, Tage)
keine Nachforderung möglich (spezielles eigenes Abnahmesystem)
Spezimen
(Plasma, Serum, Harn)
Atemwegs-Abstrich (tiefer Naso-/Oropharynx) in Flüssigtransport-Medium (VTM, UTM, NaCl)
Sammelperiode
nicht zutreffend
Mindestvolumen pro Anforderung vor Zentrifugation
(vor Zentrifugation)
1,5 ml
Abnahmegefäß inkl. Zusatzstoffe
Abnahmegefäß inkl. Zusatzstoffe(sonstige)
Flüssigtransport-Medium (VTM, UTM, NaCl) für Atemwegs-Abstriche
Spezielle Präanalytik - Probentransport
Transport ins Labor innerhalb von max. 24 Std. Bei längerer Transportdauer Probenantransport bei 2-8°C,nicht frieren, nicht aliquotieren. Keine Annahme von Sekundärröhrchen.
Messbereich
nicht zutreffend (qualitative Analyse, Ergebnis SARS-CoV-2-RNA nachweisbar / nicht nachweisbar)
Allgemeine Störungen
(z.B. Lipämie, Hämolyse, Bilirubinämie)
CAVE: KORREKTER ATEMWEGSABSTRICH ESSENTIELL! - Verunreinigung des Transportmediums durch Schleim, dadurch ggf. zu hohe Viskosität und Beeinträchtigung der Extraktion. Daher Schneuzen vor Abstrich empfohlen. - Unzureichende Qualität und/oder Quantität des Probenmaterials
Kreuzreaktionen
(z.B. immunologisch)
Gemäß Packungsbeilage kann Vorhandensein von SARS-Virus zu einem positiven Nachweis des Target#2 bei negativem Target#1 führen, was jedoch mangels nahezu unwahrscheinlicher Prävalenz von SARS nicht zum Tragen kommt. Andere bekannte humanpathogene Coronaviren und andere gängige Atemwegs-Viren werden NICHT nachgewiesen. Für Details siehe Packungsbeilage. Kreuzreaktivität und mikrobielle Störung wurden durch Testen eines Panels aus Mikroorganismen untersucht. Der Assay zeigte keine Kreuzreaktivität für die humane genomische DNA oder die Mikroorganismen bei den getesteten Konzentrationen.
Kennzeichnung des Analyse-Verfahrens nach MPG / IVDR
CE-IVD
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