Beschreibung*
Sequenzanalyse des Splicing Factor 3B1 Gens (Exons 15-17) in isolierten mononukleären Zellen (peripheres Blut, Knochenmarkaspirat) mittels Kapillar-Sequenzierung
Ziel und Zweck der Untersuchung
Kürzlich wurden durch zwei unabhängige Exom- Sequenzierungen bei 10-15% an CLL (chronisch lymphatische Leukämie) erkrankten Patienten somatische Mutationen im SF3B1-Gen detektiert, welches somit das am zweithäufigsten mutierte Gen bei CLL Patienten darstellt. Patienten mit mutiertem SF3B1-Gen weisen einen viel höheren Anteil an ungespleißter BRD2 (bromodomain 2) sowie RIOK3 (RIO Kinase 3) mRNA auf. Außerdem haben CLL Patienten, die eine SF3B1 Mutation tragen, eine kürzere Lebenserwartung und auch die Progressionrate der Krankheit ist signifikant höher verglichen mit CLL Patienten, die keine SF3B1 Mutation tragen Die Mutationen des SF3B1 Gens spielen auch in der Prognose der Myelodysplasien (MDS) eine Rolle, wie eine Studie von Brosèus et al. mit 144 Patienten (111 RARS-T, 33 RARS) zeigte. Hierbei war die Mutationsfrequenz des SF3B1 Gens sehr hoch (86,5% bei Patienten mit der Diagnose RARS-T: 96/111; 84,8% bei RARS-Patienten: 28/33). Dabei zeigte sich, dass Patienten mit mutiertem SF3B1 eine bessere Prognose bzw. Überlebenschance als Patienten mit Wildtyp SF3B1 haben.
Prinzip des Verfahrens
Während der Sequenzier (Cycle Sequencing)-Reaktion führt der Einbau eines fluoreszenzmarkierten dd(didesoxy)NTP zum Abbruch der Polymerisations-reaktion. Durch diese Kettenabbrüche entstehen DNA-Fragmente unterschiedlicher Länge, die am Ende jeweils mit einem von vier Fluoreszenzfarbstoffen (je nach eingebauter Base am Strangende) markiert sind. Die entstehenden Kettenabbruchprodukte werden mittels Kapillarelektrophorese aufgetrennt und mit Hilfe eines Lasers zur Fluoreszenz angeregt. Das Chromatogramm (die Abfolge der Farbsignale, die am Detektor erscheinen) gibt direkt die Sequenz der Basen des sequenzierten DNA-Stranges wieder.
Literatur
[1] Lili Wang, MD et al. “SF3B1 and other Novel Cancer Genes in Chronic Lymphocytic Leukemia.” National Institue of Health, N Engl J Med. (December 2011); 365(26): 2497-2506. doi: 10.1056/NEJMoa1109016 [2] J Broseus et al. “Age, JAK2V617F and SF3B1 mutations are the main predicting factors for survival in refractory anaemia with ring sideroblasts and marked thrombocytosis” Leukemia (2013), doi:10.1038/leu.2013.120 [3] Blombery et al. “Molecular lesions in B-cell lymphoproliferative disorders: recent contributions from studies utilizing high-throughput sequencing” Leukemia & Lymphoma (2013), doi: 10.3109/10428194.2013.792112 [4] Rosenquist et al. “Prognostic markers and their clinical applicability in chronic lymphocytic leukemia: where do we stand?”, Leukemia & Lymphoma (2013), doi: 10.3109/10428194.2013.783913 [5] Cazzola et al. “Biologic and clinical significance of somatic mutations of SF3B1 in myeloid and lymphoid neoplasms” Blood (2013), doi: 10.1182/blood-2012-09-399725 [6] Gunnarsson et al. „Exploring the genetic landscape in chronic lymphocytic leukemia using high-resolution technologies” Leukemia & Lymphoma (2013), doi: 10.3109/10428194.2012.751530
Ergebniseinheit
Einheiten(sonstige)
Qualitative Analyse; zu erwartende Ergebnisse: Mutation im SF3B1 Gen nachgewiesen/nicht nachgewiesen
Synonyme
SPLICING FACTOR 3B, SUBUNIT 1
Analysenfrequenz
nach Anforderung
Nachforderungsmöglichkeit der Analyse
(Stunden, Tage)
12 Stunden
Spezimen
(Plasma, Serum, Harn)
EDTA-Vollblut, Knochenmarkaspirat
Sammelperiode
nicht zutreffend
Mindestvolumen pro Anforderung vor Zentrifugation
(vor Zentrifugation)
1 ml
Abnahmegefäß inkl. Zusatzstoffe
K-EDTA Monovette
Spezielle Präanalytik - Probentransport
Probenanlieferung bei 2-8°C, nicht frieren, nicht aliquotieren. Keine Annahme von Sekundärröhrchen!
Messbereich
Qualitative Analyse; zu erwartende Ergebnisse: Nachweis / Kein Nachweis einer Mutation in den Exons 15-17 (Mutation Hotspots) im SF3B1 Gen
Allgemeine Störungen
(z.B. Lipämie, Hämolyse, Bilirubinämie)
•Unzureichende Qualität und/oder Quantität des Probenmaterials
Kreuzreaktionen
(z.B. immunologisch)
nicht zutreffend
Kennzeichnung des Analyse-Verfahrens nach MPG / IVDR
in-House Leistungsbewertung
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