Parameterdetails

Parametername: Leukämie-Typisierung, molekulargenetisch (erweitertes Panel)

Version: 1 Gültig ab 06.03.2025

Beschreibung* Nachweis der 28 häufigsten, bei chronischer und akuter Leukämie klinisch relevanten, chromosomalen Aberrationen mit mehr als 145 verschiedenen Bruchpunkten / Splicevarianten im Rahmen der molekulargenetischen Leukämie-Typisierung aus mononukleären Zellen im Vollblut oder Knochenmark mittels Realtime Multiplex PCR.

Ziel und Zweck der Untersuchung Die molekulargenetische Abklärung ist wichtiger Bestandteil bei der Erstdiagnose von akuten Leukämien. Viele chromosomale Aberrationen, insb. Translokationen oder Inversionen, sind stark assoziiert mit einem spezifischen morphologischen oder immunphänotypischen Leukämie-Subtyp. Die WHO-Klassifikation der akuten Leukämie (2008) sieht daher die genetische Untersuchung als wichtigen Zusatz zu Morphologie, Immunphänotyp und Klinik bei der Definition der unterschiedlichen Subtypen. Der molekulargenetische Nachweis spezifischer chromosomaler Aberrationen ist somit von diagnostischer, prognostischer und therapeutischer Bedeutung. Reziproke Chromosomenrearrangements
liegen bei ca. 25% aller AMLs sowie
bei ca. 40% aller Patienten mit ALL vor.

Erfasste Translokationen und Fusionsgene:
t(15;17)(q24;q21) PML-RARA
inv(16)/t(16;16)(p13;q22) CBFB-MYH114
t(8;21)(q22;q22) RUNX1-RUNX1T1
t(9;11)(p22;q23) MLL-MLLT3
t(11;19)(q23;p13.3) MLL-ELL
t(16;21)(p11;q22) FUS-ERG
t(12;22)(p13;q11-12) ETV6-MN1
t(6;9)(p23;q34) DEK-NUP214
t(1;11)(p32;q23) MLL-EPS15
t(6;11)(q27;q23) MLL-MLLT4
t(1;19)(q23;p13) TCF3-PBX1
t(12;21)(p13;q22) ETV6-RUNX1
t(11;19)(q23;p13.3) MLL-MLLT1
t(4;11)(q21;q23) MLL-AFF1
t(17;19)(q22;p13) TCF3-HLF
del(1)(p32) SIL-TAL1
t(9;22)(q34;q11) BCR-ABL1 3
t(9;9)(q34;q34) SET-NUP214
t(11;17)(q23;q12) ZBTB16-RARA
t(9;12)(q34;p13) ETV6-ABL1
t(5;12)(q33;p13) ETV6-PDGFRB
t(10;11)(p12;q23) MLL-MLLT10
t(1;11)(q21;q23) MLL-MLLT11
t(X;11)(q13;q23) MLL-FOXO4
t(11;17)(q23;q21) MLL-MLLT6
t(3;21)(q26;q22) RUNX1-MECOM
t(5;17)(q35;q12) NPM1-RARA
t(3;5)(q25.1;q35) NPM1-MLF1
t(3;21)(q26;q22) RUNX1-MDS1/EVI1

Prinzip des Verfahrens Das eingesetzte Multiplex PCR-System ist ein RT-qPCR Verfahren zum Nachweis Leukämie-assoziierter Fusionstranskripte in isolierter RNA aus Vollblut- oder Knochenmarksproben.
In einem ersten Schritt erfolgt eine Isolierung mononukleärer Zellen mittels Dichtegradientenzentrifugation. Nach Isolierung und Reinigung der Gesamt-RNA erfolgt eine reverse Transkription sowie eine Real-time Amplifikation mittels Fusionsgen-spezifischer Primer und fluoreszenzmarkierter Sonden (FAM-ROX-HEX Multiplex), wobei die Signale in drei unterschiedlichen Messkanälen simultan detektiert werden. Die Primer-Bindungsstellen wurden zudem so gewählt, dass multiple Bruchpunkte und Splicevarianten innerhalb des Fusionsgenes erfasst werden. Zur Überprüfung der korrekten Überführung von cDNA in die unterschiedlichen PCR-Reaktionen und zum Ausschluss einer Hemmung der qPCR-Reaktion wird eine interne Amplifikationskontrolle mitgeführt. Zur Überprüfung der RNA-Integrität wird neben einer kapillarelektrophoretischen Überprüfung der isolierten RNA vor der Analyse auch eine Referenzgen (Abelson ABL-1)-Amplifikation durchgeführt. Dies ermöglicht neben der zusätzlichen Überprüfung der RNA-Integrität auch die Kontrolle der effizienten reversen Transkription und der qPCR-Amplifikation. Diese Vorgangsweise entspricht den Empfehlungen des Europe Against Cancer Programms (Beillard et al., Leukemia 2003).

Literatur - Pallisgaard N, Hokland P, Riishøj DC, Pedersen P, Jørgensen P.: Multiplex Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction for Simultaneous Screening of 29 Translocations and Chromosomal Aberrations in Acute Leukemia. Blood 92:574-588, 1998.
- Beillard E et al. Evaluation of candidate control genes for diagnosis and residual disease detection in leukemic patients using ‘real-time’ quantitative reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RQ-PCR) – a Europe against cancer program. Leukemia 17: 2474, 2003.

Ergebniseinheit

Einheiten(sonstige) Qualitative Analyse; zu erwartende Ergebnisse: Nachweis / kein Nachweis von t(15;17)(q24;q21) – PML-RARA; inv(16)/t(16;16)(p13;q22) – CBFB-MYH114; t(8;21)(q22;q22) – RUNX1-RUNX1T1; t(9;11)(p22;q23) – MLL-MLLT3; t(11;19)(q23;p13.3) – MLL-ELL; t(16;21)(p11;q22) – FUS-ERG; t(12;22)(p13;q11-12) – ETV6-MN1; t(6;9)(p23;q34) – DEK-NUP214; t(1;11)(p32;q23) – MLL-EPS15; t(6;11)(q27;q23) – MLL-MLLT4; t(1;19)(q23;p13) – TCF3-PBX1; t(12;21)(p13;q22) – ETV6-RUNX1; t(11;19)(q23;p13.3) – MLL-MLLT1; t(4;11)(q21;q23) – MLL-AFF1; t(17;19)(q22;p13) – TCF3-HLF; del(1)(p32) – SIL-TAL1; t(9;22)(q34;q11) – BCR-ABL1 3; t(9;9)(q34;q34) – SET-NUP214 ; t(11;17)(q23;q12) – ZBTB16-RARA; t(9;12)(q34;p13) – ETV6-ABL1; t(5;12)(q33;p13) – ETV6-PDGFRB; t(10;11)(p12;q23) – MLL-MLLT10; t(1;11)(q21;q23) – MLL-MLLT11; t(X;11)(q13;q23) – MLL-FOXO4; t(11;17)(q23;q21) – MLL-MLLT6; t(3;21)(q26;q22) – RUNX1-MECOM; t(5;17)(q35;q12) – NPM1-RARA; t(3;5)(q25.1;q35) – NPM1-MLF1; t(3;21)(q26;q22) – RUNX1-MDS1/EVI1.

Synonyme Leukämie-Typisierung molekulargenetisch, Leukämie-Typisierung erweitertes Panel, AML Typisierung, ALL Typisierung, BCR-ABL Nachweis, Translokationsnachweis, Translokationsscreening, t(15;17) Nachweis, inv(16) Nachweis, t(8;21) Nachweis

Analysenfrequenz bei Anforderung

Nachforderungsmöglichkeit der Analyse
(Stunden, Tage) 12 Stunden (im Einzelfall Rücksprache mit verantw. FA)

Spezimen
(Plasma, Serum, Harn) EDTA-Vollblut; EDTA-Knochenmark

Sammelperiode nicht zutreffend

Mindestvolumen pro Anforderung vor Zentrifugation
(vor Zentrifugation) 3ml

Abnahmegefäß inkl. Zusatzstoffe K-EDTA Monovette

Spezielle Präanalytik - Probentransport Material unmittelbar nach der Gewinnung gut mit dem jeweiligen Antikoagulans durchmischen (Knochenmarkaspirate sind häufig angeronnen-keine Zellisolierung möglich!), bei Transportdauer >1h auf 4 Grad stellen und gekühlt ins ZIMCL transportieren. Die Proben dürfen nur gekühlt und nicht gefroren werden. Nicht aliquotieren.
Laut österreichischem Gentechnikgesetz ist bei Typ I-Untersuchungen KEINE schriftliche Einverständniserklärung zur Durchführung der Genanalyse erforderlich.

Messbereich qualitative Analyse, zu erwartende Ergebnisse: Nachweis / kein Nachweis von t(15;17)(q24;q21) – PML-RARA; inv(16)/t(16;16)(p13;q22) – CBFB-MYH114; t(8;21)(q22;q22) – RUNX1-RUNX1T1; t(9;11)(p22;q23) – MLL-MLLT3; t(11;19)(q23;p13.3) – MLL-ELL; t(16;21)(p11;q22) – FUS-ERG; t(12;22)(p13;q11-12) – ETV6-MN1; t(6;9)(p23;q34) – DEK-NUP214; t(1;11)(p32;q23) – MLL-EPS15; t(6;11)(q27;q23) – MLL-MLLT4; t(1;19)(q23;p13) – TCF3-PBX1; t(12;21)(p13;q22) – ETV6-RUNX1; t(11;19)(q23;p13.3) – MLL-MLLT1; t(4;11)(q21;q23) – MLL-AFF1; t(17;19)(q22;p13) – TCF3-HLF; del(1)(p32) – SIL-TAL1; t(9;22)(q34;q11) – BCR-ABL1 3; t(9;9)(q34;q34) – SET-NUP214 ; t(11;17)(q23;q12) – ZBTB16-RARA; t(9;12)(q34;p13) – ETV6-ABL1; t(5;12)(q33;p13) – ETV6-PDGFRB; t(10;11)(p12;q23) – MLL-MLLT10; t(1;11)(q21;q23) – MLL-MLLT11; t(X;11)(q13;q23) – MLL-FOXO4; t(11;17)(q23;q21) – MLL-MLLT6; t(3;21)(q26;q22) – RUNX1-MECOM; t(5;17)(q35;q12) – NPM1-RARA; t(3;5)(q25.1;q35) – NPM1-MLF1; t(3;21)(q26;q22) – RUNX1-MDS1/EVI1.

Allgemeine Störungen
(z.B. Lipämie, Hämolyse, Bilirubinämie) - Schlechte Durchmischung des Knochenmarkaspirates mit dem Antikoagulans
- generell unzureichende Qualität und/oder Quantität des Probenmaterials

Kreuzreaktionen
(z.B. immunologisch) nicht zutreffend (sequenzspezifisches Sondendesign)

Kennzeichnung des Analyse-Verfahrens nach MPG / IVDR CE-IVD

Erklärung nach IVDR 2017/746
(für in-house Methoden) nicht zutreffend

Ausdruck gültig am 28.03.2025

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