Beschreibung*
Nachweis von SARS-CoV-2, Influenza A/B und RSV Virus-RNA aus Atemwegs-Abstrichen in Flüssigtransport-Medium mittels qPCR
Ziel und Zweck der Untersuchung
Das SARS-CoV-2-Virus ist ein beta-Coronavirus mit einzelsträngigem RNA-Genom. Das Virus verursacht die COVID-19-Erkrankung, welche seit Anfang 2020 weltweit pandemisch ist und zu einem schweren, intensivpflichtigen Atemwegssyndrom mit beträchtlicher Mortalität führen kann. Die Influenza Viren A/B sind einzelsträngige segmentierte (-) RNA Viren und gehören zu der Familie der Orthomyxoviridae. Die Übertragung erfolgt über Schmierinfektionen und Tröpfcheninfektion und verursacht ebenfalls Symptome im Bereich der oberen Atemwege mit teilweise schweren Verläufen, welche eine Hospitalisation erforderlich machen können. Das RSV Virus (Humanes Respiratorisches Synzytial-Virus) ist ein einzelsträngiges (-) RNA Virus und gehört zu der Familie der Pneumoviridae. Die Übertragung erfolgt ebenso über Schmierinfektionen und Tröpfcheninfektion und verursacht insbesondere bei Kindern ausgeprägte Symptome im Bereich der oberen Atemwege mit teilweise schweren Verläufen, welche eine Hospitalisation erforderlich machen können. Bei ca. 5% der Kleinkindern kommt es im Verlauf zum Pseudokrupp. Bei Erwachsenen verläuft die Infektion idR milde, bei Risikopatienten mit kardialen oder pulmonalen Vorerkrankungen sowie immunsupprimierten Patienten besteht jedoch ein erhöhtes Risiko für eine Virus-Pneumonie. Da bei allen drei Virus-Infektionen eine langandauernde Immunität nicht erfolgt, treten lebenslang zu Re-Infektionen auf. Die im ZIMCL eingesetzte PCR-Methode erfasst alle vier genannten Viren simultan und stützt die Diagnose einer akuten Erkrankung.
Prinzip des Verfahrens
Virus RNA-Moleküle werden aus Proben unter Verwendung von Capture-Oligomeren mittels Target-Capturing, welche magnetische Mikropartikel enthalten, isoliert. Die hybridisierte Nukleinsäure wird dann in einem Magnetfeld von der Patientenprobe getrennt. Die Amplifikation des Targets erfolgt durch RT-PCR. Eine reverse Transkriptase erzeugt eine DNA-Kopie der Zielsequenz. Sequenz-spezifische Forward- und Reverseprimer amplifizieren dann die Targets, während mehrere Zielsequenzen durch Multiplex-RT-PCR gleichzeitig nachgewiesen und unterschieden werden.
Literatur
Wu YC et al. The outbreak of COVID-19: An overview. J Chin Med Assoc. 2020 Mar. Zhou P et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020. Tang X et al. On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2. National Science Review. 2020. Wu Z et al. Characteristics of and Important Lessons From the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Outbreak in China: Summary of a Report of 72 314 Cases From the Chinese Center for Disease Control and Prevention. JAMA. 2020. Javanian et al. A brief review of influenza virus infection. J Med Virol. 2021 Aug;93(8):4638-4646. Ciminski et al. Influenza A Viruses: Understanding Human Host Determinants. Trends Mol Med. 2021 Feb;27(2):104-112. d Nayak et al. Influenza in Children. Cold Spring Harb Perspect Med. 2021 Jan 4;11(1):a038430. Nam et al. Respiratory syncytial virus infection in adults. BMJ. 2019 Sep 10;366:l5021. Griffiths et al. Respiratory Syncytial Virus: Infection, Detection, and New Options for Prevention and Treatment. Clin Microbiol Rev. 2017 Jan;30(1):277-319. Garegnani et al. Palivizumab for preventing severe respiratory syncytial virus (RSV) infection in children. Cochrane Database Syst Rev. 2021 Nov 16;11(11):CD013757.
Ergebniseinheit
Einheiten(sonstige)
nicht zutreffend (qualitative Analyse)
Synonyme
SARS-CoV-2 COVID-19 Corona RSV Influenza Influenza A/B Humanes Respiratorisches Synzytial-Virus Pneumonie Pseudokrupp
Analysenfrequenz
täglich
Nachforderungsmöglichkeit der Analyse
(Stunden, Tage)
nicht zutreffend (spezielles eigenes Abnahmesystem erforderlich)
Spezimen
(Plasma, Serum, Harn)
Atemwegs-Abstrich (tiefer Naso-/Oropharynx) in Flüssigtransport-Medium - ausschließlich UTM
Sammelperiode
nicht zutreffend
Mindestvolumen pro Anforderung vor Zentrifugation
(vor Zentrifugation)
1,5 ml
Abnahmegefäß inkl. Zusatzstoffe
Abnahmegefäß inkl. Zusatzstoffe(sonstige)
Flüssigtransport-Medium (UTM) für Atemwegs-Abstriche
Spezielle Präanalytik - Probentransport
CAVE: KORREKTER ATEMWEGSABSTRICH ESSENTIELL! - Verunreinigung des Transportmediums durch Schleim, dadurch ggf. zu hohe Viskosität und Beeinträchtigung der Extraktion (-> invalides Ergebnis). Daher Schneuzen vor nasopharyngealem Abstrich unbedingt empfohlen. - Guanidin-hältige Transport-Medien führen zu einer Testinterferenz und können nicht verwendet werden - Transport ins Labor innerhalb von max. 24 Std. Bei längerer Transportdauer Probenantransport bei 2-8°C,nicht frieren, nicht aliquotieren. - Keine Annahme von Trockenabstrich-Tupfer.
Messbereich
nicht zutreffend (qualitative Analyse, Ergebnis SARS-CoV-2-RNA nachweisbar / nicht nachweisbar)
Allgemeine Störungen
(z.B. Lipämie, Hämolyse, Bilirubinämie)
- Guanidin-hältige Medien führen zu einer Testinterferenz und können nicht verwendet werden - Verunreinigung des Transportmediums durch Schleim, dadurch ggf. zu hohe Viskosität und Beeinträchtigung der Extraktion. Daher Schneuzen vor Abstrich empfohlen. - Unzureichende Qualität und/oder Quantität des Probenmaterials Aufgrund der Viruseigenschaft (RNA-Virus) ist das Ausgangsprobenmaterial wahrscheinlich empfindlich gegen oftmaliges Auftauen und Einfrieren, weshalb eine Lagerung bei bei 2-8°C bis zur Testung erfolgen sollte und auch bei wiederholten Messungen mehrmalige Gefrierzyklen vermieden werden sollten.
Kreuzreaktionen
(z.B. immunologisch)
Eine Kreuzreaktion mit anderen humanen Coronaviren inkl. SARS und MERS, sowie mit diversen anderen Viren wurde herstellerseitig ausgeschlossen; Details siehe Verifizierungsdokument und Manual
Kennzeichnung des Analyse-Verfahrens nach MPG / IVDR
CE-IVD
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